员工福利费用由工资中扣除，是否合法？

从工资中扣除员工福利费用，需视具体情况判断合法性。依据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》，若扣除比例不超过规定标准（如工资薪金总额的14%），则合法。否则，可能违反劳动法，损害员工权益，导致员工不满和法律纠纷。
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不合法。处理方式如下：1.核查扣除比例，确保不超过法规规定的14%上限；2.如超出，需调整扣除方案，并与员工沟通解释；3.定期检查扣除情况，确保合规性；4.对于违规扣除，应及时补发并道歉，避免法律纠纷。
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处理员工福利费用扣除问题，常见方式有：确保扣除比例合法、明确告知员工扣除情况、定期审计扣除项目。选择时，应首先遵守法律法规，确保扣除合法；其次，加强内部沟通，确保员工知情并同意；最后，定期审计，防止滥用扣除。